Conhecida como a “Pérola do Atlântico”, devido às suas belas praias e belezas naturais.

Situa-se na Ilha de Santo Amaro, terceira maior ilha do litoral paulista.
Os primeiros habitantes foram os homens dos sambaquis, grupo seminômade que habitou o litoral sul/sudeste brasileiro após o final da Era Glacial. Este povo vivia da coleta de moluscos, conchas, mexilhões e demais alimentos marinhos, bem como alimentos vegetais e caça de pequenos animais e peixes. Seu único registro conhecido são os montes de restos de conchas espalhados pelo litoral, chamados de sambaquis. Em Guarujá, foram localizados sambaquis nas praias da Ilha do Mar Casado e Pernambuco.

Em 22 de Janeiro de 1502 Guarujá foi visitada por exploradores portugueses André Gonçalves, Américo Vespúcio e suas armadas. Essa visita ocorreu na parte ocidental da ilha, conhecida atualmente como Praia Santa Cruz dos Navegantes.

Em 1832 por meio de um decreto imperial Guarujá passou a condição de Vila. Já no ano seguinte foi promovida a Vila Balneária de Guarujá.
Em 30 de Junho de 1934 a cidade recebeu o título de Estância Balneária e em 1947 passou a ser considerada município devido ao seu crescimento contínuo.