A Ermida de Santo Antônio do Guaibê é uma capela construída no século XVI no extremo norte de Guarujá, junto ao canal de Bertioga, e foi uma das primeiras igrejas do Brasil, frequentada pelo Padre Anchieta, que rezava missas e catequizava índios. Foi construída por José Adorno e é feita de pedras de sambaquis e óleo de baleia com conchas. O acesso à Ermida é feito pela Trilha das Ruínas, que tem início na Rodovia Ariovaldo de Almeida Viana, na estrada Guarujá-Bertioga. O caminho é feito por uma área preservada da Mata Atlântica.

O Forte de São Felipe foi construído em 1.552, por ordem de Tomé de Souza, Fica na Ponta da Armação, na Ilha de Santo Amaro. É um dos mais belos marcos da arquitetura militar portuguesa do século XVI. Nele, o famoso artilheiro alemão Hans Staden viveu parte de sua vida aventurosa, durante nove meses, quase sendo devorado pelos índios tupinambás.