Localizada no centro da cidade, a Paróquia Nossa Senhora de Fátima e Santo Amaro foi erguida em 1957, com arquitetura tradicional, ampla e com crucifixos, imagens de santos catequizados e vitrais customizados na parte interna.

A primeira capela em louvor a Santo Amaro foi construída em 1545, dois anos após o batismo da ilha com o nome de Ilha de Santo Amaro. Apesar de não existir qualquer vestígio desta construção, acredita-se que ela tenha sido erguida onde hoje é o bairro da Santa Cruz dos Navegantes, em Guarujá. Posteriormente, centenas de anos mais tarde, surgiu uma nova edificação próxima a Praia das Pitangueiras, que seria a primeira Igreja Matriz da Guarujá, porém, um incêndio ocorrido em 1929 destruiu a igreja, e, por um milagre, apenas a imagem de Santo Amaro foi resgatada. Desde então, a cidade seguiu sem uma Igreja Matriz. Assim continuou até o ano de 1957, quando um comerciante local ergueu o novo tempo, desta vez em homenagem a dois Santos: Santo Amaro e Nossa Senhora de Fátima.

A Paróquia de Nossa Senhora Fátima e Santo Amaro está localizada na Praça da Matriz, Avenida Puglisi, Centro.